Les microorganismes impliqués sont multiples (moisissures, levures, bactéries) et sont présent partout dans l’environnement. Au début, ce sont surtout des organismes aérobies qui entrainent une dégradation de la Matière Organique soluble (dont les sucres) en CO2, enO2 et avec un dégagement de chaleur. Dans certaines zones du ballot où l’oxygène est rare voir absent, les organismes anaérobies entrent en action avec une production de gaz et d’alcool en plus. La dégradation de la matière organique soluble entraîne donc une diminution plus ou moins fortes des valeurs alimentaires et de la digestibilité du foin.
Dès 40°C : il y a réaction de Maillard. Les protéines vont se lier aux fibres. Elles seront donc moins digestibles.
De 40 à 60°C : le foin sera poussiéreux. Les pertes énergétiques (VEM) moyennes vont de 5 à 15% et la digestibilité des protéines diminue de 10 à 30%.
De 60 à 80°C : les risques d’incendie sont réels. Il faut sortir les ballots et les aérer. Au niveau des pertes énergétiques, elles peuvent aller de 15 à 30% en moyenne et la perte de digestibilité des protéines va de 30 à 80%.
De 80° à 90°C : La température et la pression des gaz montent très rapidement pour atteindre, en l'espace de quelques heures, 280 °C, soit le point d’inflammation. Si on combine le tout à une présence suffisante d'oxygène, le foin s'enflamme.
Plus la densité des ballots est élevée, plus le risque est important. En effet, un pressage important du cœur du ballot ne permet une bonne circulation de l’air et l’humidité résiduelle ne peut donc pas être évacuée... 
